Contact and support
Need help, have a question, or want to contact the ResearchHub team?
© 2026 ResearchHub. Built for responsible scholarly connection.
Privacy-aware community infrastructureResearch graph
References from The grammar of the pangenome: terms, concepts, methods, and emerging patterns—a general framework for comparative genomics and genome biology. Local targets link to admitted publications; unresolved targets remain external evidence.
10.1016/0167-7799(96)10043-3
10.1016/0167-7799(96)10043-3 · External reference
10.1093/nar/29.21.4395
10.1093/nar/29.21.4395 · External reference
10.1016/s0966-842x(02)02446-0
10.1016/s0966-842x(02)02446-0 · External reference
10.1101/gr.1092603
10.1101/gr.1092603 · External reference
10.1016/j.mib.2014.11.016
10.1016/j.mib.2014.11.016 · External reference
10.1007/978-1-0716-1099-2
10.1007/978-1-0716-1099-2 · External reference
10.1007/978-3-030-38281-0
10.1007/978-3-030-38281-0 · External reference
10.1073/pnas.0506758102
10.1073/pnas.0506758102 · External reference
10.1093/bib/bbw089
10.1093/bib/bbw089 · External reference
10.1016/j.gpb.2015.01.007
10.1016/j.gpb.2015.01.007 · External reference
10.1038/s41598-017-02845-3
10.1038/s41598-017-02845-3 · External reference
10.1016/j.tig.2008.12.004
10.1016/j.tig.2008.12.004 · External reference
10.1214/09-aap657
10.1214/09-aap657 · External reference
10.1093/gbe/evt002
10.1093/gbe/evt002 · External reference
10.3389/fmicb.2018.03096
10.3389/fmicb.2018.03096 · External reference
10.1093/gbe/evx270
10.1093/gbe/evx270 · External reference
10.1016/j.copbio.2012.08.009
10.1016/j.copbio.2012.08.009 · External reference
10.3389/fmicb.2013.00004
10.3389/fmicb.2013.00004 · External reference
10.1093/bfgp/elr042
10.1093/bfgp/elr042 · External reference
10.1371/journal.pgen.1006280
10.1371/journal.pgen.1006280 · External reference
10.1101/gr.3666505
10.1101/gr.3666505 · External reference
10.1016/j.gde.2005.09.011
10.1016/j.gde.2005.09.011 · External reference
10.1093/gbe/evx255
10.1093/gbe/evx255 · External reference
10.1371/journal.pgen.1002803
10.1371/journal.pgen.1002803 · External reference
10.1128/mmbr.68.3.518-537.2004
10.1128/mmbr.68.3.518-537.2004 · External reference
10.1038/srep09838
10.1038/srep09838 · External reference
10.1128/msystems.00198-17
10.1128/msystems.00198-17 · External reference
10.1128/jb.185.19.5673-5684.2003
10.1128/jb.185.19.5673-5684.2003 · External reference
10.1007/978-1-4939-1720-4_13
10.1007/978-1-4939-1720-4_13 · External reference
10.1016/j.gde.2005.09.006
10.1016/j.gde.2005.09.006 · External reference
10.1016/j.mib.2008.09.006
10.1016/j.mib.2008.09.006 · External reference
10.1016/j.nmni.2015.06.005
10.1016/j.nmni.2015.06.005 · External reference
10.1016/j.mib.2006.08.010
10.1016/j.mib.2006.08.010 · External reference
10.1146/annurev.micro.56.012302.160634
10.1146/annurev.micro.56.012302.160634 · External reference
10.1016/j.drudis.2007.04.008
10.1016/j.drudis.2007.04.008 · External reference
10.1016/j.vaccine.2009.01.072
10.1016/j.vaccine.2009.01.072 · External reference
10.1159/000235761
10.1159/000235761 · External reference
10.1186/1471-2164-10-385
10.1186/1471-2164-10-385 · External reference
10.1371/journal.pgen.1000335
10.1371/journal.pgen.1000335 · External reference
10.1128/msphere.00532-24
10.1128/msphere.00532-24 · External reference
10.1073/pnas.0906412106
10.1073/pnas.0906412106 · External reference
10.1186/1745-6150-6-34
10.1186/1745-6150-6-34 · External reference
10.1371/journal.pone.0028388
10.1371/journal.pone.0028388 · External reference
10.12688/f1000research.1-19.v2
10.12688/f1000research.1-19.v2 · External reference
10.1016/j.tim.2003.11.006
10.1016/j.tim.2003.11.006 · External reference
10.1126/science.1123061
10.1126/science.1123061 · External reference
10.1099/mic.0.038257-0
10.1099/mic.0.038257-0 · External reference
10.1186/s12915-014-0066-4
10.1186/s12915-014-0066-4 · External reference
10.48550/arxiv.1105.5014
10.48550/arxiv.1105.5014 · External reference
10.1093/gbe/evs016
10.1093/gbe/evs016 · External reference
10.1093/molbev/msw062
10.1093/molbev/msw062 · External reference
Unresolved reference
2011 · External reference
10.1186/1471-2164-12-32
10.1186/1471-2164-12-32 · External reference
10.1073/pnas.1421385112
10.1073/pnas.1421385112 · External reference
10.1016/j.meegid.2012.01.005
10.1016/j.meegid.2012.01.005 · External reference
10.1186/1471-2164-13-196
10.1186/1471-2164-13-196 · External reference
10.1002/bies.201700115
10.1002/bies.201700115 · External reference
10.1038/nmicrobiol.2017.40
10.1038/nmicrobiol.2017.40 · External reference
10.1371/journal.pone.0155935
10.1371/journal.pone.0155935 · External reference
10.1093/molbev/mss163
10.1093/molbev/mss163 · External reference
10.1128/mbio.00036-12
10.1128/mbio.00036-12 · External reference
10.3389/fmicb.2015.00728
10.3389/fmicb.2015.00728 · External reference
10.1038/nbt.1823
10.1038/nbt.1823 · External reference
10.1038/nbt.3893
10.1038/nbt.3893 · External reference
10.1186/2047-217x-3-8
10.1186/2047-217x-3-8 · External reference
10.1111/pbi.12499
10.1111/pbi.12499 · External reference
10.1089/cmb.2014.0146
10.1089/cmb.2014.0146 · External reference
10.1186/s13059-016-0908-1
10.1186/s13059-016-0908-1 · External reference
10.1038/srep24373
10.1038/srep24373 · External reference
10.1186/1471-2105-10-154
10.1186/1471-2105-10-154 · External reference
10.1128/aem.02411-13
10.1128/aem.02411-13 · External reference
10.1186/s13059-014-0524-x
10.1186/s13059-014-0524-x · External reference
10.1093/nar/30.7.1575
10.1093/nar/30.7.1575 · External reference
10.1093/nar/gks757
10.1093/nar/gks757 · External reference
10.1186/1471-2105-11-461
10.1186/1471-2105-11-461 · External reference
10.1093/nar/gkx977
10.1093/nar/gkx977 · External reference
10.1093/bioinformatics/btr655
10.1093/bioinformatics/btr655 · External reference
10.1093/bioinformatics/btx610
10.1093/bioinformatics/btx610 · External reference
10.1371/journal.pone.0011147
10.1371/journal.pone.0011147 · External reference
10.1093/bioinformatics/btu153
10.1093/bioinformatics/btu153 · External reference
10.1093/bioinformatics/btv421
10.1093/bioinformatics/btv421 · External reference
10.1186/s13059-016-1108-8
10.1186/s13059-016-1108-8 · External reference
10.1186/1471-2105-12-272
10.1186/1471-2105-12-272 · External reference
10.1534/g3.117.300233
10.1534/g3.117.300233 · External reference
10.3389/fmicb.2018.00771
10.3389/fmicb.2018.00771 · External reference
10.12688/f1000research.2-265.v1
10.12688/f1000research.2-265.v1 · External reference
10.1186/1471-2105-16-s11-s3
10.1186/1471-2105-16-s11-s3 · External reference
10.1186/s12859-015-0517-0
10.1186/s12859-015-0517-0 · External reference
10.1093/bioinformatics/btw455
10.1093/bioinformatics/btw455 · External reference
10.1186/s12864-017-4337-7
10.1186/s12864-017-4337-7 · External reference
10.1093/bioinformatics/btu756
10.1093/bioinformatics/btu756 · External reference
10.1093/bioinformatics/btu017
10.1093/bioinformatics/btu017 · External reference
10.1093/gigascience/giy015
10.1093/gigascience/giy015 · External reference
10.1093/bioinformatics/btw761
10.1093/bioinformatics/btw761 · External reference
10.1101/215988
10.1101/215988 · External reference
10.4238/2013.august.16.2
10.4238/2013.august.16.2 · External reference
10.1186/1471-2105-15-65
10.1186/1471-2105-15-65 · External reference
10.1186/s13104-015-1462-8
10.1186/s13104-015-1462-8 · External reference
10.1007/978-981-10-7572-8_4
10.1007/978-981-10-7572-8_4 · External reference
10.1093/bioinformatics/btr418
10.1093/bioinformatics/btr418 · External reference
10.1038/srep36213
10.1038/srep36213 · External reference
10.1093/nar/gkw958
10.1093/nar/gkw958 · External reference
10.1371/journal.pone.0178154
10.1371/journal.pone.0178154 · External reference
10.48550/arxiv.1805.05597
10.48550/arxiv.1805.05597 · External reference
10.1186/1471-2164-15-8
10.1186/1471-2164-15-8 · External reference
10.1186/s12859-018-2250-y
10.1186/s12859-018-2250-y · External reference
10.1186/s12864-018-4465-8
10.1186/s12864-018-4465-8 · External reference
10.4230/oasics.gcb.2013.35
10.4230/oasics.gcb.2013.35 · External reference
10.1093/bioinformatics/btv603
10.1093/bioinformatics/btv603 · External reference
10.1186/s13015-016-0066-8
10.1186/s13015-016-0066-8 · External reference
10.1186/s12864-017-4401-3
10.1186/s12864-017-4401-3 · External reference
10.7717/peerj.3948
10.7717/peerj.3948 · External reference
10.1038/s41467-026-68624-9
10.1038/s41467-026-68624-9 · External reference
10.1093/bioinformatics/bts565
10.1093/bioinformatics/bts565 · External reference
10.1093/nar/gkv468
10.1093/nar/gkv468 · External reference
10.1038/s41598-024-60991-x
10.1038/s41598-024-60991-x · External reference
10.3389/fmicb.2018.01486
10.3389/fmicb.2018.01486 · External reference
10.3389/fmicb.2015.00219
10.3389/fmicb.2015.00219 · External reference
10.1186/s12864-015-1968-4
10.1186/s12864-015-1968-4 · External reference
10.1002/nmi2.62
10.1002/nmi2.62 · External reference
Unresolved reference
2012 · External reference
10.7717/peerj.4320
10.7717/peerj.4320 · External reference
10.1371/journal.ppat.1005869
10.1371/journal.ppat.1005869 · External reference
10.1073/pnas.0605709103
10.1073/pnas.0605709103 · External reference
10.1371/journal.pgen.1007239
10.1371/journal.pgen.1007239 · External reference
10.3389/fmicb.2014.00110
10.3389/fmicb.2014.00110 · External reference
10.1371/journal.ppat.1000178
10.1371/journal.ppat.1000178 · External reference
10.1159/000235768
10.1159/000235768 · External reference
10.1186/1471-2164-15-737
10.1186/1471-2164-15-737 · External reference
10.1186/s12864-016-2364-4
10.1186/s12864-016-2364-4 · External reference
10.1093/gbe/evy259
10.1093/gbe/evy259 · External reference
10.1016/j.gene.2017.04.019
10.1016/j.gene.2017.04.019 · External reference
10.1111/1462-2920.13732
10.1111/1462-2920.13732 · External reference
10.1093/gbe/evz096
10.1093/gbe/evz096 · External reference
10.3389/fmicb.2016.01531
10.3389/fmicb.2016.01531 · External reference
10.1093/gbe/evw098
10.1093/gbe/evw098 · External reference
10.1111/1751-7915.13043
10.1111/1751-7915.13043 · External reference
10.1186/gb-2007-8-5-r71
10.1186/gb-2007-8-5-r71 · External reference
10.1186/gb-2010-11-10-r107
10.1186/gb-2010-11-10-r107 · External reference
10.1093/gbe/evu048
10.1093/gbe/evu048 · External reference
10.1371/journal.pone.0092798
10.1371/journal.pone.0092798 · External reference
10.1186/1471-2164-11-500
10.1186/1471-2164-11-500 · External reference
10.1186/1471-2164-11-688
10.1186/1471-2164-11-688 · External reference
10.1099/mgen.0.000030
10.1099/mgen.0.000030 · External reference
10.1186/1471-2164-13-373
10.1186/1471-2164-13-373 · External reference
10.1111/1462-2920.13015
10.1111/1462-2920.13015 · External reference
10.1016/j.jgg.2011.11.001
10.1016/j.jgg.2011.11.001 · External reference
10.1186/1471-2164-11-379
10.1186/1471-2164-11-379 · External reference
10.1186/1471-2164-12-235
10.1186/1471-2164-12-235 · External reference
10.1186/gb-2013-14-2-r17
10.1186/gb-2013-14-2-r17 · External reference
10.1186/1471-2164-15-404
10.1186/1471-2164-15-404 · External reference
10.1186/1471-2164-14-366
10.1186/1471-2164-14-366 · External reference
10.3389/fmicb.2018.01255
10.3389/fmicb.2018.01255 · External reference
10.1371/journal.pgen.0010043
10.1371/journal.pgen.0010043 · External reference
10.1186/s12915-017-0457-4
10.1186/s12915-017-0457-4 · External reference
10.1186/1471-2164-11-181
10.1186/1471-2164-11-181 · External reference
10.1016/j.gene.2018.05.084
10.1016/j.gene.2018.05.084 · External reference
10.1038/ncomms13390
10.1038/ncomms13390 · External reference
10.1073/pnas.0808945106
10.1073/pnas.0808945106 · External reference
10.1038/s41586-018-0030-5
10.1038/s41586-018-0030-5 · External reference
10.1093/bib/bbaa013
10.1093/bib/bbaa013 · External reference
10.1186/s13059-015-0701-6
10.1186/s13059-015-0701-6 · External reference
10.1080/22221751.2019.1622455
10.1080/22221751.2019.1622455 · External reference
10.1128/jb.02285-12
10.1128/jb.02285-12 · External reference
10.1186/1752-0509-5-182
10.1186/1752-0509-5-182 · External reference
10.1093/gbe/evw199
10.1093/gbe/evw199 · External reference
10.1186/s12864-019-5783-1
10.1186/s12864-019-5783-1 · External reference
10.1073/pnas.1000071108
10.1073/pnas.1000071108 · External reference
10.1073/pnas.1523199113
10.1073/pnas.1523199113 · External reference
10.1371/journal.pgen.0030231
10.1371/journal.pgen.0030231 · External reference
10.1186/s13059-024-03312-9
10.1186/s13059-024-03312-9 · External reference
10.1186/s13059-023-03089-3
10.1186/s13059-023-03089-3 · External reference
10.1007/978-1-0716-2067-0_14
10.1007/978-1-0716-2067-0_14 · External reference
10.1186/s13059-023-02958-1
10.1186/s13059-023-02958-1 · External reference
10.1146/annurev-genom-120219-080406
10.1146/annurev-genom-120219-080406 · External reference
10.1101/2024.11.15.623887
10.1101/2024.11.15.623887 · External reference
10.1093/bioinformatics/btac308
10.1093/bioinformatics/btac308 · External reference
10.1093/bioinformatics/btac743
10.1093/bioinformatics/btac743 · External reference
10.1073/pnas.2304934120
10.1073/pnas.2304934120 · External reference
10.1002/tpg2.20135
10.1002/tpg2.20135 · External reference
10.1093/bioinformatics/btac504
10.1093/bioinformatics/btac504 · External reference
10.1093/bioinformatics/btad628
10.1093/bioinformatics/btad628 · External reference
10.21105/joss.04910
10.21105/joss.04910 · External reference
10.1186/s12859-022-04898-2
10.1186/s12859-022-04898-2 · External reference
10.1186/s13059-023-02861-9
10.1186/s13059-023-02861-9 · External reference
10.1038/ng.3964
10.1038/ng.3964 · External reference
10.1101/gr.260828.120
10.1101/gr.260828.120 · External reference
10.1371/journal.pcbi.1007732
10.1371/journal.pcbi.1007732 · External reference
10.1186/s13059-020-02090-4
10.1186/s13059-020-02090-4 · External reference
10.1093/bioinformatics/btab697
10.1093/bioinformatics/btab697 · External reference
10.1099/mgen.0.001034
10.1099/mgen.0.001034 · External reference
10.1093/bioinformatics/btae720
10.1093/bioinformatics/btae720 · External reference
10.1038/s41592-024-02430-3
10.1038/s41592-024-02430-3 · External reference
10.1371/journal.pcbi.1013288
10.1371/journal.pcbi.1013288 · External reference
10.1038/s41576-020-0210-7
10.1038/s41576-020-0210-7 · External reference
10.1146/annurev-genom-120120-081921
10.1146/annurev-genom-120120-081921 · External reference
10.1038/s41586-023-05896-x
10.1038/s41586-023-05896-x · External reference
10.1038/s41467-018-03168-1
10.1038/s41467-018-03168-1 · External reference
10.1038/s41477-021-00925-x
10.1038/s41477-021-00925-x · External reference
10.1038/s41588-023-01516-6
10.1038/s41588-023-01516-6 · External reference
10.1038/s41586-025-08883-6
10.1038/s41586-025-08883-6 · External reference
10.1126/sciadv.add3783
10.1126/sciadv.add3783 · External reference
10.1038/s41588-024-01967-5
10.1038/s41588-024-01967-5 · External reference
10.1186/s43008-023-00108-7
10.1186/s43008-023-00108-7 · External reference
10.1099/mgen.0.000903
10.1099/mgen.0.000903 · External reference
10.1016/j.tig.2019.11.006
10.1016/j.tig.2019.11.006 · External reference
10.1038/s41588-024-02029-6
10.1038/s41588-024-02029-6 · External reference
10.1093/bib/bbaa198
10.1093/bib/bbaa198 · External reference
10.1038/s41559-024-02421-9
10.1038/s41559-024-02421-9 · External reference
