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10.1016/j.tibs.2014.07.002 · External reference
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10.1016/j.cell.2018.01.029 · External reference
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10.1016/j.cell.2012.12.009 · External reference
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10.1038/nmeth.3547 · External reference
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10.1038/s41586-025-10014-0
10.1038/s41586-025-10014-0 · External reference
Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2
10.1038/s41586-026-10176-5 · 2026 · External reference
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10.1038/nature15518 · External reference
10.1126/science.1141319
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10.1038/nmeth.2688 · External reference
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10.1038/s41586-023-06792-0
10.1038/s41586-023-06792-0 · External reference
A multi-agent system for automating scientific discovery
10.1038/s41586-026-10652-y · 2026 · External reference
10.48550/arxiv.2408.06292
10.48550/arxiv.2408.06292 · External reference
Autonomous biomedical research with an artificial intelligence agent
10.1126/science.adz4351 · 2026 · External reference
10.1093/bib/bbag110
10.1093/bib/bbag110 · External reference
Survey of Hallucination in Natural Language Generation
2023 · External reference
10.48550/arxiv.2608.14905
10.48550/arxiv.2608.14905 · External reference
A Survey on Hallucination in Large Language Models: Principles, Taxonomy, Challenges, and Open Questions
2025 · External reference
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10.48550/arxiv.2405.14767 · External reference
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10.48550/arxiv.2601.15322 · External reference
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10.1038/nature11247 · External reference
10.1093/nar/gkab1113
10.1093/nar/gkab1113 · External reference
From Local Explanations to Global Understanding with Explainable AI for Trees. Nat
10.1038/s42256-019-0138-9 · 2020 · External reference
10.1093/nar/gkw226
10.1093/nar/gkw226 · External reference
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10.1101/gr.200535.115 · External reference
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10.1093/nar/gkv416
10.1093/nar/gkv416 · External reference
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10.1126/science.7871435
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10.1038/nature11232 · External reference
10.1038/nmeth.1906
10.1038/nmeth.1906 · External reference
10.1101/gr.097857.109
10.1101/gr.097857.109 · External reference
10.1093/nar/gkac1000
10.1093/nar/gkac1000 · External reference
10.1093/bioinformatics/btr064
10.1093/bioinformatics/btr064 · External reference
10.1016/0092-8674(95)90298-8
10.1016/0092-8674(95)90298-8 · External reference
10.1073/pnas.96.17.9873
10.1073/pnas.96.17.9873 · External reference
10.1038/13165
10.1038/13165 · External reference
Regulatory grammar in human promoters uncovered by MPRA-based deep learning
10.1038/s41586-025-10093-z · 2026 · External reference
10.1128/mcb.00911-15
10.1128/mcb.00911-15 · External reference
10.1126/science.2494701
10.1126/science.2494701 · External reference
10.1016/0092-8674(93)90237-k
10.1016/0092-8674(93)90237-k · External reference
10.1093/emboj/16.11.3145
10.1093/emboj/16.11.3145 · External reference
10.1073/pnas.87.21.8555
10.1073/pnas.87.21.8555 · External reference
10.1128/mcb.13.7.3999
10.1128/mcb.13.7.3999 · External reference
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10.1101/gr.098921.109 · External reference
Hematopoietic/erythroid enhancers activate nearby target genes by extending histone H3K27ac and transcribing intergenic RNA
2023 · External reference
GATA-1-dependent histone H3K27 acetylation mediates erythroid cell-specific chromatin interaction between CTCF sites
2020 · External reference
10.1016/0092-8674(93)90663-b
10.1016/0092-8674(93)90663-b · External reference
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10.1111/j.1600-0749.2005.00262.x · External reference
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10.1038/nature13994 · External reference
10.1186/gb-2007-8-2-r24
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10.1016/j.cell.2022.05.013
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10.1126/science.1183621
10.1126/science.1183621 · External reference
GATA3 Truncating Mutations Promote Cistromic Re-Programming In Vitro, but Not Mammary Tumor Formation in Mice
10.1007/s10911-019-09432-4 · 2019 · External reference
10.1016/j.ccell.2020.06.007
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10.1093/bioinformatics/btp536 · External reference
10.1186/gb-2008-9-9-r137
10.1186/gb-2008-9-9-r137 · External reference
GATA3 Truncating Mutations Promote Cistromic Re-Programming In Vitro, but Not Mammary Tumor Formation in Mice
10.1007/s10911-019-09432-4 · ExternalCitation · doi-reference
10.1016/0092-8674(93)90237-k
10.1016/0092-8674(93)90237-k · ExternalCitation · doi-reference
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10.1016/0092-8674(93)90663-b · ExternalCitation · doi-reference
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10.1016/0092-8674(95)90298-8 · ExternalCitation · doi-reference
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10.1016/j.cell.2016.03.041
10.1016/j.cell.2016.03.041 · ExternalCitation · doi-reference
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10.1016/j.cell.2017.11.008 · ExternalCitation · doi-reference
10.1016/j.cell.2018.01.029
10.1016/j.cell.2018.01.029 · ExternalCitation · doi-reference
10.1016/j.cell.2022.05.013
10.1016/j.cell.2022.05.013 · ExternalCitation · doi-reference
10.1016/j.cell.2024.09.022
10.1016/j.cell.2024.09.022 · ExternalCitation · doi-reference
10.1016/j.gde.2015.12.003
10.1016/j.gde.2015.12.003 · ExternalCitation · doi-reference
10.1016/j.gde.2016.12.007
10.1016/j.gde.2016.12.007 · ExternalCitation · doi-reference
10.1016/j.molcel.2010.05.004
10.1016/j.molcel.2010.05.004 · ExternalCitation · doi-reference
10.1016/j.tibs.2014.07.002
10.1016/j.tibs.2014.07.002 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/13165
10.1038/13165 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nature11232
10.1038/nature11232 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nature11247
10.1038/nature11247 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nature13994
10.1038/nature13994 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nature15518
10.1038/nature15518 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nbt.3300
10.1038/nbt.3300 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nbt1010-1045
10.1038/nbt1010-1045 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nmeth.1906
10.1038/nmeth.1906 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nmeth.2688
10.1038/nmeth.2688 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nmeth.3065
10.1038/nmeth.3065 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nmeth.3547
10.1038/nmeth.3547 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nrg3207
10.1038/nrg3207 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/s41467-021-23007-0
10.1038/s41467-021-23007-0 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/s41586-023-06792-0
10.1038/s41586-023-06792-0 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/s41586-025-10014-0
10.1038/s41586-025-10014-0 · ExternalCitation · doi-reference
Regulatory grammar in human promoters uncovered by MPRA-based deep learning
10.1038/s41586-025-10093-z · ExternalCitation · doi-reference
Genome modelling and design across all domains of life with Evo 2
10.1038/s41586-026-10176-5 · ExternalCitation · doi-reference
A multi-agent system for automating scientific discovery
10.1038/s41586-026-10652-y · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/s41592-021-01252-x
10.1038/s41592-021-01252-x · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/s41592-024-02523-z
10.1038/s41592-024-02523-z · ExternalCitation · doi-reference
From Local Explanations to Global Understanding with Explainable AI for Trees. Nat
10.1038/s42256-019-0138-9 · ExternalCitation · doi-reference
10.1073/pnas.87.21.8555
10.1073/pnas.87.21.8555 · ExternalCitation · doi-reference
10.1073/pnas.96.17.9873
10.1073/pnas.96.17.9873 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/bib/bbag110
10.1093/bib/bbag110 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/bioinformatics/btp536
10.1093/bioinformatics/btp536 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/bioinformatics/btr064
10.1093/bioinformatics/btr064 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/emboj/16.11.3145
10.1093/emboj/16.11.3145 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/nar/gkaa1087
10.1093/nar/gkaa1087 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/nar/gkab1113
10.1093/nar/gkab1113 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/nar/gkac1000
10.1093/nar/gkac1000 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/nar/gkad1077
10.1093/nar/gkad1077 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/nar/gkv416
10.1093/nar/gkv416 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/nar/gkw226
10.1093/nar/gkw226 · ExternalCitation · doi-reference
10.1101/gad.176826.111
10.1101/gad.176826.111 · ExternalCitation · doi-reference
10.1101/gr.097857.109
10.1101/gr.097857.109 · ExternalCitation · doi-reference
10.1101/gr.098921.109
10.1101/gr.098921.109 · ExternalCitation · doi-reference
10.1101/gr.200535.115
10.1101/gr.200535.115 · ExternalCitation · doi-reference
10.1111/j.1600-0749.2005.00262.x
10.1111/j.1600-0749.2005.00262.x · ExternalCitation · doi-reference
10.1126/science.1141319
10.1126/science.1141319 · ExternalCitation · doi-reference
10.1126/science.1181369
10.1126/science.1181369 · ExternalCitation · doi-reference
10.1126/science.1183621
10.1126/science.1183621 · ExternalCitation · doi-reference
10.1126/science.2494701
10.1126/science.2494701 · ExternalCitation · doi-reference
10.1126/science.7871435
10.1126/science.7871435 · ExternalCitation · doi-reference
Autonomous biomedical research with an artificial intelligence agent
10.1126/science.adz4351 · ExternalCitation · doi-reference
10.1128/mcb.00911-15
10.1128/mcb.00911-15 · ExternalCitation · doi-reference
10.1128/mcb.13.7.3999
10.1128/mcb.13.7.3999 · ExternalCitation · doi-reference
10.1186/gb-2007-8-2-r24
10.1186/gb-2007-8-2-r24 · ExternalCitation · doi-reference
10.1186/gb-2008-9-9-r137
10.1186/gb-2008-9-9-r137 · ExternalCitation · doi-reference
10.1186/s13059-023-02985-y
10.1186/s13059-023-02985-y · ExternalCitation · doi-reference
10.1214/aos/1176346577
10.1214/aos/1176346577 · ExternalCitation · doi-reference
10.48550/arxiv.2405.14767
10.48550/arxiv.2405.14767 · ExternalCitation · doi-reference
10.48550/arxiv.2408.06292
10.48550/arxiv.2408.06292 · ExternalCitation · doi-reference
10.48550/arxiv.2601.15322
10.48550/arxiv.2601.15322 · ExternalCitation · doi-reference
10.48550/arxiv.2604.26747
10.48550/arxiv.2604.26747 · ExternalCitation · doi-reference
10.48550/arxiv.2608.14905
10.48550/arxiv.2608.14905 · ExternalCitation · doi-reference
10.7554/elife.91320
10.7554/elife.91320 · ExternalCitation · doi-reference
