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10.1038/s41579-020-0412-1 · External reference
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10.1016/j.chom.2020.09.006 · External reference
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10.1126/science.aaw9285 · External reference
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10.1016/j.cell.2018.10.020 · External reference
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10.1126/science.aaf3252 · External reference
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10.1016/j.cub.2020.09.028 · External reference
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10.1093/evlett/qrae036 · External reference
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10.1038/s41396-021-00919-9 · External reference
Host preference and invasiveness of commensal bacteria in the Lotus and Arabidopsis root microbiota
10.1038/s41564-021-00941-9 · 2021 · External reference
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10.1038/nrg.2017.26 · External reference
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10.1038/s41596-021-00504-6 · External reference
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10.1086/509407 · External reference
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10.1101/gr.275533.121 · External reference
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10.1126/science.aac4812 · External reference
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10.1126/science.adr2756 · External reference
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10.1073/pnas.0804445105 · External reference
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10.1038/42701 · External reference
10.1073/pnas.1219574110
10.1073/pnas.1219574110 · External reference
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10.1128/aem.05272-11 · External reference
10.1038/msb.2011.42
10.1038/msb.2011.42 · External reference
10.1073/pnas.1616132114
10.1073/pnas.1616132114 · External reference
10.1038/nrmicro2750
10.1038/nrmicro2750 · External reference
10.1111/mec.13851
10.1111/mec.13851 · External reference
10.1371/journal.pgen.1004872
10.1371/journal.pgen.1004872 · External reference
10.1146/annurev.arplant.57.032905.105228
10.1146/annurev.arplant.57.032905.105228 · External reference
10.1093/jxb/erae252
10.1093/jxb/erae252 · External reference
10.1016/j.tplants.2017.09.003
10.1016/j.tplants.2017.09.003 · External reference
10.1038/s41564-018-0129-3
10.1038/s41564-018-0129-3 · External reference
10.1038/s41467-020-14570-z
10.1038/s41467-020-14570-z · External reference
10.1038/35007066
10.1038/35007066 · External reference
10.1016/j.tree.2010.05.004
10.1016/j.tree.2010.05.004 · External reference
10.1111/1365-2745.12709
10.1111/1365-2745.12709 · External reference
10.1016/j.tplants.2022.05.007
10.1016/j.tplants.2022.05.007 · External reference
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10.1038/nrg3962 · External reference
10.1038/nrmicro1234
10.1038/nrmicro1234 · External reference
10.1111/j.1461-0248.2012.01853.x
10.1111/j.1461-0248.2012.01853.x · External reference
10.1186/s12859-016-1016-7
10.1186/s12859-016-1016-7 · External reference
High-throughput cultivation and identification of bacteria from the plant root microbiota
10.1038/s41596-020-00444-7 · 2021 · External reference
Unresolved reference
External reference
Unresolved reference
External reference
10.1093/bioinformatics/btr507
10.1093/bioinformatics/btr507 · External reference
10.1093/bioinformatics/btq461
10.1093/bioinformatics/btq461 · External reference
Rbec: a tool for analysis of amplicon sequencing data from synthetic microbial communities
10.1038/s43705-021-00077-1 · 2021 · External reference
10.5281/zenodo.591304
10.5281/zenodo.591304 · External reference
10.1007/s10531-005-0311-9
10.1007/s10531-005-0311-9 · External reference
10.1186/1471-2105-13-238
10.1186/1471-2105-13-238 · External reference
Haplotype-resolved de novo assembly using phased assembly graphs with hifiasm
10.1038/s41592-020-01056-5 · 2021 · External reference
10.1038/s41592-020-00971-x
10.1038/s41592-020-00971-x · External reference
10.1093/bioinformatics/btv383
10.1093/bioinformatics/btv383 · External reference
10.1093/bioinformatics/bty191
10.1093/bioinformatics/bty191 · External reference
10.1186/s13059-015-0849-0
10.1186/s13059-015-0849-0 · External reference
10.5281/zenodo.322347
10.5281/zenodo.322347 · External reference
CheckM2: a rapid, scalable and accurate tool for assessing microbial genome quality using machine learning
10.1038/s41592-023-01940-w · 2023 · External reference
10.1007/978-1-4939-9173-0_14
10.1007/978-1-4939-9173-0_14 · External reference
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10.1093/bioinformatics/btac672 · External reference
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10.1093/bioinformatics/btu153 · External reference
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Fast gapped-read alignment with Bowtie 2
10.1038/nmeth.1923 · 2012 · External reference
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External reference
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10.1093/bioinformatics/btp163 · External reference
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10.1186/s13059-019-1832-y · External reference
10.1002/evl3.83
10.1002/evl3.83 · ExternalCitation · doi-reference
10.1006/jmbi.1990.9999
10.1006/jmbi.1990.9999 · ExternalCitation · doi-reference
10.1007/978-1-4939-9173-0_14
10.1007/978-1-4939-9173-0_14 · ExternalCitation · doi-reference
10.1007/s10531-005-0311-9
10.1007/s10531-005-0311-9 · ExternalCitation · doi-reference
10.1016/j.cell.2018.10.020
10.1016/j.cell.2018.10.020 · ExternalCitation · doi-reference
10.1016/j.chom.2020.09.006
10.1016/j.chom.2020.09.006 · ExternalCitation · doi-reference
10.1016/j.chom.2025.05.005
10.1016/j.chom.2025.05.005 · ExternalCitation · doi-reference
10.1016/j.cub.2020.09.028
10.1016/j.cub.2020.09.028 · ExternalCitation · doi-reference
10.1016/j.tplants.2017.09.003
10.1016/j.tplants.2017.09.003 · ExternalCitation · doi-reference
10.1016/j.tplants.2022.05.007
10.1016/j.tplants.2022.05.007 · ExternalCitation · doi-reference
10.1016/j.tree.2010.05.004
10.1016/j.tree.2010.05.004 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/35007066
10.1038/35007066 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/42701
10.1038/42701 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/ismej.2014.215
10.1038/ismej.2014.215 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/ismej.2017.69
10.1038/ismej.2017.69 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/msb.2011.42
10.1038/msb.2011.42 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nature08480
10.1038/nature08480 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nature11336
10.1038/nature11336 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nature12344
10.1038/nature12344 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nature16192
10.1038/nature16192 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nature18959
10.1038/nature18959 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nature24287
10.1038/nature24287 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nbt.4235
10.1038/nbt.4235 · ExternalCitation · doi-reference
Fast gapped-read alignment with Bowtie 2
10.1038/nmeth.1923 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nrg.2017.26
10.1038/nrg.2017.26 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nrg3564
10.1038/nrg3564 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nrg3962
10.1038/nrg3962 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nrmicro1234
10.1038/nrmicro1234 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/nrmicro2750
10.1038/nrmicro2750 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/s41396-021-00919-9
10.1038/s41396-021-00919-9 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/s41467-020-14570-z
10.1038/s41467-020-14570-z · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/s41467-021-24005-y
10.1038/s41467-021-24005-y · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/s41564-018-0129-3
10.1038/s41564-018-0129-3 · ExternalCitation · doi-reference
Host preference and invasiveness of commensal bacteria in the Lotus and Arabidopsis root microbiota
10.1038/s41564-021-00941-9 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/s41579-020-0412-1
10.1038/s41579-020-0412-1 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/s41587-023-02024-y
10.1038/s41587-023-02024-y · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/s41592-020-00971-x
10.1038/s41592-020-00971-x · ExternalCitation · doi-reference
Haplotype-resolved de novo assembly using phased assembly graphs with hifiasm
10.1038/s41592-020-01056-5 · ExternalCitation · doi-reference
CheckM2: a rapid, scalable and accurate tool for assessing microbial genome quality using machine learning
10.1038/s41592-023-01940-w · ExternalCitation · doi-reference
High-throughput cultivation and identification of bacteria from the plant root microbiota
10.1038/s41596-020-00444-7 · ExternalCitation · doi-reference
10.1038/s41596-021-00504-6
10.1038/s41596-021-00504-6 · ExternalCitation · doi-reference
Rbec: a tool for analysis of amplicon sequencing data from synthetic microbial communities
10.1038/s43705-021-00077-1 · ExternalCitation · doi-reference
10.1073/pnas.0804445105
10.1073/pnas.0804445105 · ExternalCitation · doi-reference
10.1073/pnas.1219574110
10.1073/pnas.1219574110 · ExternalCitation · doi-reference
10.1073/pnas.1616132114
10.1073/pnas.1616132114 · ExternalCitation · doi-reference
10.1086/509407
10.1086/509407 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/bioinformatics/btac672
10.1093/bioinformatics/btac672 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/bioinformatics/btn594
10.1093/bioinformatics/btn594 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/bioinformatics/btp163
10.1093/bioinformatics/btp163 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/bioinformatics/btq461
10.1093/bioinformatics/btq461 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/bioinformatics/btr507
10.1093/bioinformatics/btr507 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/bioinformatics/btu153
10.1093/bioinformatics/btu153 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/bioinformatics/btu170
10.1093/bioinformatics/btu170 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/bioinformatics/btv112
10.1093/bioinformatics/btv112 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/bioinformatics/btv383
10.1093/bioinformatics/btv383 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/bioinformatics/bty191
10.1093/bioinformatics/bty191 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/evlett/qrae036
10.1093/evlett/qrae036 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/jxb/erae252
10.1093/jxb/erae252 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/nar/27.2.573
10.1093/nar/27.2.573 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/nar/28.1.27
10.1093/nar/28.1.27 · ExternalCitation · doi-reference
10.1093/nar/gks918
10.1093/nar/gks918 · ExternalCitation · doi-reference
10.1101/gr.275533.121
10.1101/gr.275533.121 · ExternalCitation · doi-reference
10.1111/1365-2745.12709
10.1111/1365-2745.12709 · ExternalCitation · doi-reference
10.1111/ele.13599
10.1111/ele.13599 · ExternalCitation · doi-reference
10.1111/j.1461-0248.2012.01853.x
10.1111/j.1461-0248.2012.01853.x · ExternalCitation · doi-reference
10.1111/mec.13851
10.1111/mec.13851 · ExternalCitation · doi-reference
10.1126/science.1196526
10.1126/science.1196526 · ExternalCitation · doi-reference
10.1126/science.1243357
10.1126/science.1243357 · ExternalCitation · doi-reference
10.1126/science.aac4812
10.1126/science.aac4812 · ExternalCitation · doi-reference
10.1126/science.aaf3252
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10.1126/science.aaw9285
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10.1126/science.aaz5192
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10.1126/science.abb7222
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10.1126/science.add1417
10.1126/science.add1417 · ExternalCitation · doi-reference
10.1126/science.adi3338
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10.1126/science.adr2756
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10.1128/aem.05272-11
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10.1128/mbio.00927-21/suppl_file/mbio.00927-21-sf005.jpg
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10.1146/annurev-arplant-050312-120106
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10.1146/annurev-genet-120215-034952
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10.1146/annurev-micro-022620-014327
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10.1146/annurev-phyto-021622-100127
10.1146/annurev-phyto-021622-100127 · ExternalCitation · doi-reference
10.1146/annurev.arplant.57.032905.105228
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10.1186/1471-2105-13-238
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10.1186/s12859-016-1016-7
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10.1186/s13059-015-0849-0
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10.1186/s13059-019-1832-y
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10.1186/s40168-018-0445-0
10.1186/s40168-018-0445-0 · ExternalCitation · doi-reference
10.1186/s40168-025-02103-z
10.1186/s40168-025-02103-z · ExternalCitation · doi-reference
10.1371/journal.pgen.1004872
10.1371/journal.pgen.1004872 · ExternalCitation · doi-reference
10.4161/fly.19695
10.4161/fly.19695 · ExternalCitation · doi-reference
10.5281/zenodo.15988672
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10.5281/zenodo.322347
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10.5281/zenodo.591304
10.5281/zenodo.591304 · ExternalCitation · doi-reference
10.7554/elife.74987
10.7554/elife.74987 · ExternalCitation · doi-reference